负责港航行政管理的协调工作。负责开展渔业资源保护和增殖、水生野生动物保护、水产种质资源保护、渔港和渔业水域生态环境保护等工作。负责“五水共治”“生态环境督察”“双碳”等相关工作。联系涉外渔业协会。

负责制定和完善渔业行政审批项目和行政许可的相关规定、审批程序、工作制度等。负责渔业捕捞许可、船员证书核发、渔业船舶登记、船名号核发、船网工具指标审批等许可确认事项的办理。负责减船、双（多）边渔业协定实施等工作。